Nový výpočet plemenných hodnot
18.11.2016, Kamil Malát |
Přechod na nový způsob odhadu plemenných hodnot je velmi ožehavé a živé téma, které se stále vyvíjí. Od června využívaný systém dává výrazně větší váhu jak genetické složce, tak i jednotlivým znakům a je proto citlivější na kvalitu a množství vstupních údajů vztažených k jednotlivým zvířatům. Tato citlivost se pak v porovnání výpočtů z června a září může v některých případech projevovat menší stabilitou RPH, než tomu bývalo v minulosti. Tyto změny jsou způsobeny mnoha vlivy, z nichž ty nejčastější se pokusíme na následujících příkladech zjednodušeně vysvětlit.
1. Telata narozená z harémového připouštění:
• V minulosti byl u harémového připuštění býk vždy považován za jednoho jedince. Telata jednoho plemene narozená po harémovém připouštění byla tedy vždy brána jako polosourozenci po jednom otci. V červnovém výpočtu bylo poprvé harémové připuštění ošetřeno jako skupina neznámých předků (tedy nikoliv jako otec s jedním identifikačním číslem). I jejich vrstevníci jsou tedy "postiženi" touto úpravou, která má podstatný vliv na odhadnutou RPH.
• u některých telat došlo v období mezi červnovým a zářijovým odhadem PH k doplnění původů. Zatímco při předchozím odhadu PH (6/2016) byl otec neznámý a pracovalo se s ním dle výše uvedeného principu, v zářijovém výpočtu má již původ znám (dle provedeného DNA testu). Touto zásadní změnou došlo k pohybu v celém SRO (skupina vrstevníků dle stáda-roku-období) i u matek těchto telat, což ovlivňuje spočítanou PH. Toto doplnění původů ovlivní i ostatní otce, kteří jsou používáni v daném chovu. Doplnění původu se zpravidla neděje plošně, ale pouze u nejlepších jedinců vybraných chovatelem v daném stádě, což opět ovlivňuje výpočet PH.
Problém s harémovým připouštěním se týká zejména plemen, která harémové připouštění využívají v největší míře (zejména charolais u kterého je podíl harémového připuštění až 25 %, dále pak aberdeen angus a masný simentál). Pokud je rozdíl mezi matkou a otcem v RPH dané vlastnosti, není možné správně určit RPH potomka. Poté dochází k významným výkyvům v odhadnuté RPH a to v řádu až 20 bodů (myšleno v porovnání výpočtu 6 a 9/2016).
2. Počet vstupních údajů v datovém souboru
Hlavní vlna telení v ČR probíhá v jarních měsících. V době, kdy je připravována databáze pro červnový odhad PH, má tedy pouze velmi malý počet zvířat záznam o vlastní užitkovosti (telata v této době ještě nejsou zvážena). Při červnovém výpočtu PH je známa pouze hmotnost při narození, v případě ostatních hmotností se téměř výlučně jedná o předpověď PH na základě rodokmenu (tedy i s nižší spolehlivostí). Vlastní užitkovost se omezuje na údaje o průběhu porodu a hmotnosti při narození, které však díky uniformitě (mnoho chovatelů telata při narození neváží a data o narození jsou tedy přiřazována dle průměru populace daného plemene) nemá na ostatní sledované vlastnosti zásadní vliv, který by se projevil v genetických vztazích (korelacích) mezi jednotlivými vlastnostmi. To se v zářijovém výpočtu u hmotností ve 120 dnech výrazně mění, neboť v databázi jsou u většiny telat tyto hmotnosti již známy, výrazný posun je i u hmotností ve 210 dnech, roční však stále chybí. Rozdílný počet vstupních údajů v datových souborech použitých pro výpočet v červnu a září je natolik zásadní, že výraznou měrou ovlivňuje výši odhadnuté PH a její stabilitu mezi jednotlivými výpočty.
3. Zkrácení databáze:
U vstupní databáze došlo k "odříznutí" všech zvířat narozených před rokem 2000 (čistokrevných i kříženců). I přes toto vyřazení se nejedná o zásadní zásah do struktury databáze čistokrevných zvířat a jejich počtu, neboť meziroční nárůst je vyšší než počet vyřazených kusů. V největší míře se vyřazení týká kříženců, u nichž byla známa pouze hmotnost při narození (v mnoha případech pouze opět odhadnutá). Konečná databáze, která nyní slouží k odhadu PH, tedy obsahuje méně údajů, které jsou však na druhé straně výrazně přesnější a k odhadům PH lépe využitelné. U mnoha plemen došlo ke zvýšení průměrné PH. Současně je mezi plemennými hodnotami (absolutními) vyšší variabilita. Proto stejná genetická odchylka jedince (např. 4 kg) může být najednou v rámci populace podprůměrná (nový průměr není 3, ale 7) a jeho RPH se snižuje.
4. Vztah přímý efekt vers. maternální
Díky většímu zápornému vztahu (korelaci) mezi přímým a maternálních efektem mohlo na základě většího množství informací v přímém efektu (vlastní užitkovost telat) dojít k výkyvům v odhadnuté RPH v maternálním efektu.
5. Změna spolehlivostí u některých jedinců
Spolehlivost je zjednodušeně ovlivněna třemi proměnnými a jejich vzájemnými vztahy – počet a skladba vrstevníků (efekt SRO), rodokmen a genetické parametry. Genetické parametry se nemění, rodokmen pouze v určitých případech (harémové připouštění, určení paternity). Změny mezi jednotlivými výpočty jsou dány přibývajícími údaji v rámci jednotlivých chovů. V tomto bodu se opět prolnou všechny výše uvedené změny. Spolehlivost na základě informací z rodokmenu je díky horší propojenosti stád nižší než u dojeného skotu. Skladba jednotlivých skupin vrstevníků má zásadní vliv. Proto vlastní užitkovost, popř. užitkovosti potomků / příbuzných jedinců, hraje velkou roli, především jako zdroj informací. Skladba vrstevníků (efekt SRO) je proto v současné době nejintenzivněji analyzována.
Výbor svazu, který se na svém posledním jednání téma PH obsáhle diskutoval, rozhodl o ustanovení odborné pracovní skupiny, která se bude problematikou PH zabývat. Tato skupina bude taktéž detailně analyzovat data z mimořádného neveřejného výpočtu, který bude proveden počátkem prosince z listopadové databáze. Na základě závěrů jednání této skupiny pak budou navrženy další kroky a opatření směřující k definitivnímu dořešení přechodu na nový způsob odhadu plemenných hodnot.
1. Telata narozená z harémového připouštění:
• V minulosti byl u harémového připuštění býk vždy považován za jednoho jedince. Telata jednoho plemene narozená po harémovém připouštění byla tedy vždy brána jako polosourozenci po jednom otci. V červnovém výpočtu bylo poprvé harémové připuštění ošetřeno jako skupina neznámých předků (tedy nikoliv jako otec s jedním identifikačním číslem). I jejich vrstevníci jsou tedy "postiženi" touto úpravou, která má podstatný vliv na odhadnutou RPH.
• u některých telat došlo v období mezi červnovým a zářijovým odhadem PH k doplnění původů. Zatímco při předchozím odhadu PH (6/2016) byl otec neznámý a pracovalo se s ním dle výše uvedeného principu, v zářijovém výpočtu má již původ znám (dle provedeného DNA testu). Touto zásadní změnou došlo k pohybu v celém SRO (skupina vrstevníků dle stáda-roku-období) i u matek těchto telat, což ovlivňuje spočítanou PH. Toto doplnění původů ovlivní i ostatní otce, kteří jsou používáni v daném chovu. Doplnění původu se zpravidla neděje plošně, ale pouze u nejlepších jedinců vybraných chovatelem v daném stádě, což opět ovlivňuje výpočet PH.
Problém s harémovým připouštěním se týká zejména plemen, která harémové připouštění využívají v největší míře (zejména charolais u kterého je podíl harémového připuštění až 25 %, dále pak aberdeen angus a masný simentál). Pokud je rozdíl mezi matkou a otcem v RPH dané vlastnosti, není možné správně určit RPH potomka. Poté dochází k významným výkyvům v odhadnuté RPH a to v řádu až 20 bodů (myšleno v porovnání výpočtu 6 a 9/2016).
2. Počet vstupních údajů v datovém souboru
Hlavní vlna telení v ČR probíhá v jarních měsících. V době, kdy je připravována databáze pro červnový odhad PH, má tedy pouze velmi malý počet zvířat záznam o vlastní užitkovosti (telata v této době ještě nejsou zvážena). Při červnovém výpočtu PH je známa pouze hmotnost při narození, v případě ostatních hmotností se téměř výlučně jedná o předpověď PH na základě rodokmenu (tedy i s nižší spolehlivostí). Vlastní užitkovost se omezuje na údaje o průběhu porodu a hmotnosti při narození, které však díky uniformitě (mnoho chovatelů telata při narození neváží a data o narození jsou tedy přiřazována dle průměru populace daného plemene) nemá na ostatní sledované vlastnosti zásadní vliv, který by se projevil v genetických vztazích (korelacích) mezi jednotlivými vlastnostmi. To se v zářijovém výpočtu u hmotností ve 120 dnech výrazně mění, neboť v databázi jsou u většiny telat tyto hmotnosti již známy, výrazný posun je i u hmotností ve 210 dnech, roční však stále chybí. Rozdílný počet vstupních údajů v datových souborech použitých pro výpočet v červnu a září je natolik zásadní, že výraznou měrou ovlivňuje výši odhadnuté PH a její stabilitu mezi jednotlivými výpočty.
3. Zkrácení databáze:
U vstupní databáze došlo k "odříznutí" všech zvířat narozených před rokem 2000 (čistokrevných i kříženců). I přes toto vyřazení se nejedná o zásadní zásah do struktury databáze čistokrevných zvířat a jejich počtu, neboť meziroční nárůst je vyšší než počet vyřazených kusů. V největší míře se vyřazení týká kříženců, u nichž byla známa pouze hmotnost při narození (v mnoha případech pouze opět odhadnutá). Konečná databáze, která nyní slouží k odhadu PH, tedy obsahuje méně údajů, které jsou však na druhé straně výrazně přesnější a k odhadům PH lépe využitelné. U mnoha plemen došlo ke zvýšení průměrné PH. Současně je mezi plemennými hodnotami (absolutními) vyšší variabilita. Proto stejná genetická odchylka jedince (např. 4 kg) může být najednou v rámci populace podprůměrná (nový průměr není 3, ale 7) a jeho RPH se snižuje.
4. Vztah přímý efekt vers. maternální
Díky většímu zápornému vztahu (korelaci) mezi přímým a maternálních efektem mohlo na základě většího množství informací v přímém efektu (vlastní užitkovost telat) dojít k výkyvům v odhadnuté RPH v maternálním efektu.
5. Změna spolehlivostí u některých jedinců
Spolehlivost je zjednodušeně ovlivněna třemi proměnnými a jejich vzájemnými vztahy – počet a skladba vrstevníků (efekt SRO), rodokmen a genetické parametry. Genetické parametry se nemění, rodokmen pouze v určitých případech (harémové připouštění, určení paternity). Změny mezi jednotlivými výpočty jsou dány přibývajícími údaji v rámci jednotlivých chovů. V tomto bodu se opět prolnou všechny výše uvedené změny. Spolehlivost na základě informací z rodokmenu je díky horší propojenosti stád nižší než u dojeného skotu. Skladba jednotlivých skupin vrstevníků má zásadní vliv. Proto vlastní užitkovost, popř. užitkovosti potomků / příbuzných jedinců, hraje velkou roli, především jako zdroj informací. Skladba vrstevníků (efekt SRO) je proto v současné době nejintenzivněji analyzována.
Výbor svazu, který se na svém posledním jednání téma PH obsáhle diskutoval, rozhodl o ustanovení odborné pracovní skupiny, která se bude problematikou PH zabývat. Tato skupina bude taktéž detailně analyzovat data z mimořádného neveřejného výpočtu, který bude proveden počátkem prosince z listopadové databáze. Na základě závěrů jednání této skupiny pak budou navrženy další kroky a opatření směřující k definitivnímu dořešení přechodu na nový způsob odhadu plemenných hodnot.