Ověřování původu přes genomickou analýzu SNP tu a tam přináší i drobné zádrhely, zejména u zahraničních zvířat, která byla genotypována v jiné laboratoři, která pracuje v odlišném standardu, než jaký využívá laboratoř imunogenetiky ČMSCH, a.s.. To může vést v některých případech až k tomu, že takový genotyp neumí laboratoř přečíst, díky čemuž nemůžeme jedince zapsat do plemenné knihy. Abychom těmto problémům předešli, oslovili jsme laboratoř s žádostí, aby připravila návod, jak v takových případech postupovat.

Pokud do hradišťské laboratoře přijde genotyp ve formátu, kteří nedokáží zpracovat, snaží se pracovníci vždy se svými zahraničními protějšky, kde byl genotyp stanoven, vykorespondovat ten správný. Bohužel, jsou výjimečně i případy, kdy se to nepodaří a je třeba hledat jiné řešení. Pozitivní novinkou je, že výpočetní středisko Plemdat připravilo počítačový program, který umí genotypy ve formátu AB převést na ten, který je používán v ČR. Genotypy vytvořené v tomto formátu lze tedy při dodržení všech ostatních zásad do laboratoře bez obav zasílat.

V každém případě platí, že pokud se chystáte dovést plemenné zvíře či inseminační dávky ze zemí, kde je ověřování původu přes SNP již rutinou (což je v drtivé většině ve všech chovatelsky vyspělých zemích), tak je třeba mít na paměti, že pokud nechcete dělat analýzu v ČR znovu, je nutné si od prodávajícího dopředu vyžádat kompletní dokumentaci a to v elektronickém formátu. To znamená, že musíte mít minimálně sadu 199 paternitních SNP a to ve správném tvaru. Platí, že ideálním formátem pro dodání genotypu je soubor xlsx (nebo xls) resp. csv (viz tento csv vzor) či txt (viz tento txt vzor).

Nezřídka se stává, že chovatel sice dostane ze zahraničí soubor s genotypem ve správném formátu, ten je ale neúplný (viz například tento a tento vzor). S tím bez složitých a časově náročných úprav laboratoř pochopitelně nemůže pracovat.

Absolutně nepoužitelné jsou pak genotypy, kde nejsou vůbec uvedeny názvy jednotlivých SNP, ale pouze jakési indexy. K rozšifrování je nutné přesně znát typ a verzi použitého čipu a mít jeho Manifest File, kterým laboratoř v Hradištku nedisponuje. Stejně tak laboratoř nemůže pracovat s genotypy vytištěnými na papíře, nebo naskenovanými z papíru do pdf formátu. Pokud chovatel trvá na jejich použití, musí zajistit přepis do formátu xlsx. A v neposlední řadě do laboratoře neposílejte genotyp s interpretací pouze Forward alel (týká se většinou genotypů zasílaných z Kanady). Ani s tím si pracovnice laboratoře neporadí. U těchto typů, pokud není nadpis sloupce s hodnotou SNP (a to v těch kanadských není), tak to chovatel nemá šanci poznat. V tomto případě je nutné přímo při koupi vznést požadavek, že požadujete dodání SNP genotypu - TOP alely.

Detaily včetně nejčastějších příkladů najdete v přiloženém návodu.

Připojený soubor:

Zahraniční genotypy.docx, 18 kB Návod ČMSCH, a.s. k zasílání genotypů ze zahraničí