Sledované znaky a QTL mizí ze jmen zvířat
21.04.2022, A. Birovaš, K. Malát |
Díky dlouhodobé mravenčí práci došlo k získání elektronické verze výsledků o sledovaných genetických znacích (znaky, které jsou součástí genomické testace při ověřování původu). Bylo tedy možné již pro první turnus letošního roku přistoupit k odmazání těchto informací ze jmen býků. Jediná vlastnost, která ve jméně zůstává, je bezrohost, což je mezinárodním zvykem. Ostatní znaky – ataxie, mutace pro dvojí osvalení dle plemen a chondrodysplazie – jsou nyní zaznamenány pod jménem jedince v tabulce. Sledované genetické znaky jsou nově součástí i databáze plemenné knihy a jsou chovatelům dostupné rovněž prostřednictvím pdf karty, jenž si mohou uživatelé služby webKUMP sami vytvářet (detaily o této novince najdete zde).
Pokud se podíváte do katalogů pro výběr býků, uvidíte, že tabulka je jednotná pro všechna plemena. Pokud se daná mutace v plemeni nevyskytuje, výsledek je proškrtnut. V databázovém pojetí (plemenná kniha online, výpis pro chovatele v pdf) je pak vždy vyjádřena pouze mutace, která se u plemene vyskytuje. V každém katalogu jsou vysvětlivky pro jednotlivé znaky a mutace, proto se v tomto příspěvku zaměříme především na označení v online plemenné knize a ve výpisech z KUMP jednotlivých chovatelů.
Pro většinu znaků (ataxie, myostatin C313Y, myostatin F94L, myostatin NT821, myostatin Q204X) je označení shodné:
• Stav 1 - není nositel mutace (doplněno označení, například G/G, +/+, WT/WT)
• Stav 2 - přenašeč heterozygot (doplněno označením, například A/G, MH/+, F/+)
• Stav 3 - homozygot (doplněno označením, například A/A, MH/MH, DEL11/DEL11)
V případě BD1 - chondrodysplazie, kde stav 3 efektivně vzato není životaschopné/šlechtění schopné zvíře pak:
• Stav 1 - není nositel mutace, BD1_N
• Stav 2 - přenašeč heterozygot, BD1_NC
U bezrohosti je situace trochu komplikovanější, protože se míchají informace z rodokmenu, genotypování a z fenotypu zvířat, který doplňují inspektoři.
Z čistě genetického (otestovaného) hlediska rozlišujeme pouze tyto možnosti:
• Stav 1 - bezrohý homozygot, PP
• Stav 2 - bezrohý heterozygot, P*
• Stav 3 - rohatý, R*
Mnohá zvířata pak mají označení V* - tento status označuje zvířata otestovaná, geneticky heterozygotní (bezrohá), ale fenotypově mají volný roh. Označení P či V je na základě rodokmenu, kdy minimálně jeden z rodičů je bezrohý homozygot. Tento zápis je podpoření kontrolou fenotypu inspektory.
Označování jednotlivých mutací je výsledkem pracovní skupiny pro IT záležitosti, ve které jsou zástupci jednotlivých plemen a svazu. Výsledky jsou dostupné pouze pro zvířata, u kterých byl test objednán. Vzhledem k tomu, že jméno zvířete je jedním ze z jeho identifikátorů, není možné ho měnit zpětně. Zejména to platí na zvířata, u kterých byl vydán ZC nebo POP. Proto se veškeré změny v označování genetických znaků budou týkat pouze jmen nově zadaných. Starší zvířata pak budou mít pouze údaje (pokud jsou elektronicky dostupné) zapsané ve výše popsané tabulce. Ze jména tyto údaje však nezmizí. Stejně tak budeme do databáze přidávat údaje od importovaných zvířat, pokud budou součástí dovozových ZC.
Pokud se podíváte do katalogů pro výběr býků, uvidíte, že tabulka je jednotná pro všechna plemena. Pokud se daná mutace v plemeni nevyskytuje, výsledek je proškrtnut. V databázovém pojetí (plemenná kniha online, výpis pro chovatele v pdf) je pak vždy vyjádřena pouze mutace, která se u plemene vyskytuje. V každém katalogu jsou vysvětlivky pro jednotlivé znaky a mutace, proto se v tomto příspěvku zaměříme především na označení v online plemenné knize a ve výpisech z KUMP jednotlivých chovatelů.
Pro většinu znaků (ataxie, myostatin C313Y, myostatin F94L, myostatin NT821, myostatin Q204X) je označení shodné:
• Stav 1 - není nositel mutace (doplněno označení, například G/G, +/+, WT/WT)
• Stav 2 - přenašeč heterozygot (doplněno označením, například A/G, MH/+, F/+)
• Stav 3 - homozygot (doplněno označením, například A/A, MH/MH, DEL11/DEL11)
V případě BD1 - chondrodysplazie, kde stav 3 efektivně vzato není životaschopné/šlechtění schopné zvíře pak:
• Stav 1 - není nositel mutace, BD1_N
• Stav 2 - přenašeč heterozygot, BD1_NC
U bezrohosti je situace trochu komplikovanější, protože se míchají informace z rodokmenu, genotypování a z fenotypu zvířat, který doplňují inspektoři.
Z čistě genetického (otestovaného) hlediska rozlišujeme pouze tyto možnosti:
• Stav 1 - bezrohý homozygot, PP
• Stav 2 - bezrohý heterozygot, P*
• Stav 3 - rohatý, R*
Mnohá zvířata pak mají označení V* - tento status označuje zvířata otestovaná, geneticky heterozygotní (bezrohá), ale fenotypově mají volný roh. Označení P či V je na základě rodokmenu, kdy minimálně jeden z rodičů je bezrohý homozygot. Tento zápis je podpoření kontrolou fenotypu inspektory.
Označování jednotlivých mutací je výsledkem pracovní skupiny pro IT záležitosti, ve které jsou zástupci jednotlivých plemen a svazu. Výsledky jsou dostupné pouze pro zvířata, u kterých byl test objednán. Vzhledem k tomu, že jméno zvířete je jedním ze z jeho identifikátorů, není možné ho měnit zpětně. Zejména to platí na zvířata, u kterých byl vydán ZC nebo POP. Proto se veškeré změny v označování genetických znaků budou týkat pouze jmen nově zadaných. Starší zvířata pak budou mít pouze údaje (pokud jsou elektronicky dostupné) zapsané ve výše popsané tabulce. Ze jména tyto údaje však nezmizí. Stejně tak budeme do databáze přidávat údaje od importovaných zvířat, pokud budou součástí dovozových ZC.