Jedním z cílů letos končícího projektu, který ČSCHMS řeší ve spolupráci s VÚŽV, je rovněž sonografické skenování nejdelšího zádového svalu (MLLT) u plemene aberdeen angus. S potěšením můžeme konstatovat, že přestože díky covidu vypadl celý jeden ročník měření, tak i přesto se podařilo terénní měření z let 2019, 2020, 2022 a 2023 přetavit v plemenné hodnoty, a to rovnou genomické. S výsledky chovatele seznámila Alena Birovaš na konci března na pracovním jednání chovatelů aberdeen angus v Českých Budějovicích. Ve své prakticky zaměřené prezentaci chovatelům představila základní parametry výpočtu a také v kostce na několika příkladech demonstrovala rozdíly u konkrétních jedinců.

Vypočtené plemenné hodnoty ukázaly, že mezi jedinci je značná variabilita. Vzhledem k tomu, že pro plemeno aberdeen angus je podíl intramuskulárního tuku a plochy roštěnce jedním z velice důležitých kvalitativních parametrů masné užitkovosti, je žádoucí při šlechtění věnovat pozornost i těmto znakům.

Očištění výsledků měření MLLT

K výpočtu genomických plemenných hodnot pro MLLT byla použita ultrazvuková měření, která na zapojených chovech a rovněž odchovnách plemenných býků zajišťovala skotská odbornice Linda McKendrick. Během čtyř let, kdy byla data sbírána, byly získány údaje od celkem 2677 jedinců. Některá data však musela být v rámci očištění z předpovědi PH vyřazena (jedinci bez rodokmenu, jiná plemena než AA, mladší či naopak starší jedinci mimo rámec atd.). Do výpočtu tedy nakonec vstupovaly údaje od 2500 jedinců s užitkovostí, z nichž 1613 bylo genotypovaných a 887 bez genotypu. K těmto údajům byla přidána zvířata bez užitkovosti, kterých bylo celkem 14166 (5640 s genotypem plus 8526 bez genotypu - předci v rodokmenech). Celkově tedy předpověď PH pracovala s daty od 16666 jedinců.

Genetické parametry a modelová rovnice

Pro vlastní výpočet byla použita jednokroková metoda ssGBLUP pro víceznakový model vyvinutý pro celkem pět vlastností:
• hmotnost při ultrazvukovém měření
• tloušťka tuku na zádi
• tloušťka tuku nad roštěncem
• plocha svalu MLLT
• podíl intramuskulárního tuku

Pro potřeby výpočtu byly rovněž odhadnuty nové genetické parametry. Výhodou genomického výpočtu je zejména to, že GEPH lze předpovědět i pro mladá genotypovaná zvířata bez užitkovosti (nejen pro jedince s užitkovostí a jejich předky) a také to, že dojde k významnému zvýšení spolehlivosti předpovězených PH pro genotypované jedince. Ta by se bez údajů z genomiky u nízce dědivých vlastností, jakými je podíl intramuskulárního tuku, jinak pohybovala jen někde těsně nad nulou. S využitím genomiky „poskočí“ na úroveň okolo 0,5. Pro úplnost dodejme, že v modelové rovnici sloužící k výpočtu byly zohledněné následující efekty: SRO (chov + datum měření), pohlaví, věk při měření, věk matky v rocích, jedinec (PH) a reziduální efekt.

Porovnání zvířat s různými typy informací

Díky zohlednění mnoha vlastností s dobrou dědivostí (hmotnost při ultrazvukovém měření, tloušťka tuku na zádi, tloušťka tuku nad roštěncem, plocha svalu MLLT) mají změřená zvířata velmi dobrou spolehlivost 0,5 (u zvířat bez genotypu). Podíl intramuskulárního tuku je však vlastnost nízce dědivá, proto tato zvířata dosahují průměrné spolehlivosti pouze 0,31. Při započtení genotypu zvířat s užitkovostí dojde k největšímu nárůstu především u podílu intramuskulárního tuku a to na hodnotu 0,46. U ostatních vlastností je to pak 0,62. Další velmi cenný zdroj informací jsou potomci zvířat, která jsme skenovali. Proto bylo nutné čekat s vyhodnocením minimálně 5 let.

Býk, který byl skenován v prvním roce měření, má vlastní užitkovost, genotyp a také 13 potomků (11 z toho změřených, 2 jsou genotypovaní) má spolehlivost 0,74 pro dobře dědivé vlastnosti a 0,56 pro podíl intramuskulárního tuku. Na tyto výsledky bychom v konvenčním způsobu výpočtu PH čekali mnoho let. Naopak zvíře s užitkovostí, ale bez genotypu a potomků má spolehlivosti průměrné 0,5 (dobře dědivé vlastnosti) a 0,35 (podíl intramuskulárního tuku).

Poslední zajímavou skupinou zvířat jsou zvířata pouze s genotypem. Zde se využívá podobnosti genetického založení mezi zvířaty s užitkovostí a genotypem a pouze genotypem. I v této skupině je průměrná spolehlivost dobře dědivých vlastností 0,5 a u podílu intramuskulárního tuku je to pak 0,36. Toto je další obrovská výhoda nového způsobu výpočtu. Jediný problém by byl, kdyby podíl genotypovaných zvířat bez užitkovosti převyšoval počet genotypovaných zvířat s užitkovostí. To by výpočet ztratil vypovídající schopnost a možnost spolehlivé předpovědi PH pro pouze genotypovaná zvířata.

Zveřejnění výsledků

Jakmile dojde k dořešení praktických otázek, jaké přesně GEPH zveřejňovat a pro jaké jedince (jen skenované, všechny atd. ?), budou výsledky předány chovatelům. To by mělo být dořešeno v následujících dnech, maximálně týdnech. Pro urychlení v první fázi předpokládáme publikovat data ve formátu MS Excel s tím, že do budoucna bude snahou GEPH plně implementovat to svazové databáze, aby byly výsledky dostupné také v online plemenné knize a ve webKUMP.

Budoucnost skenování MLLT

Jak již bylo zmíněno v úvodu článku, grantový projekt, ze kterého jsou tyto činnosti od sběru dat až po zpracování výsledků a výpočtu PH hrazeny, letos končí. ČSCHMS společně s VÚŽV již začal pracovat na přípravě nového projektu, který by měl umožnit pokračování sběru dat a jejich vyhodnocování s využitím těchto prostředků. Pokud by ale projekt nebyl schválen, bude třeba s chovateli vést debatu nad možnostmi finančního krytí zajištění pokračování ultrazvukového měření.

Na závěr je potřeba poděkovat všem, kteří se na úspěšné realizaci podíleli – od jednotlivých chovatelů, provozovatelů odchoven, přes Lindu McKendrick až po pracovníky svazu a VÚŽV a rovněž reprezentanty Asociace chovatelů plemene Aberdeen Angus, kteří činnost koordinovali.

Zpracováno v rámci projektu QK1910059.