Pokrok nelze zastavit a to platí i v technologiích pro chov skotu a navazujících oborech kam spadá i ověřování původu skotu. Doba ověřování původu pomocí testů polymorfismu mikrosatelitů STR (Short Tandem Repeat) končí a masivně ji nahrazuje genotypování skotu pomocí analýzy SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Na tyto změny se již delší dobu intenzivně připravuje i Česká republika, aby je v dohledné době uvedla do praxe. Jedná se o celosvětový trend, kterému se nelze bránit a pokud chtějí být i nadále čeští chovatelé konkurenceschopní, nezbývá, než tyto novinky přijmout. Jaké bude mít tato změna dopady na chovatele, se pokusíme nastínit v tomto článku.

Začněme postupně. Farmáři, kteří se chovem skotu zabývají déle, si jistě pamatují dobu, kdy se z testů krevních skupin přešlo na ověřování původu přes DNA technologie pomocí analýzy mikrosatelitů (STR). I tato metoda po necelých dvaceti letech dosáhla informačního limitu, a proto celosvětově dochází k přechodu na metodu ověřování původu přes SNP. Ta bude velmi brzy považována za jedinou oficiálně mezinárodně uznávanou. Ten, kdo v nedávné minulosti dovezl zvíře například z Francie, se již s ověřeným původem přes SNP setkal, ostatní se s touto technologií seznámí již velmi brzy i u nás. Českomoravská společnost chovatelů a. s. (ČMSCH) a její laboratoř imunogenetiky drží krok se světem, proto investovala milionové částky do přístrojového vybavení a komplexního zavedení SNP technologie, která umožní SNP genotypování zvířat v České republice.

U chovatelů masného skotu v tuto chvíli žádný systém výpočtu genomických plemenných hodnot (GPH) neběží, proto bude přes SNP realizováno zatím pouze ověřování původu a jako "bonus" chovatelé získají informace o některých mutacích (barevné rázy, letální faktory atd.). O jaké mutace jde, se lze dočíst například v této prezentaci (pdf soubor). Lze konstatovat, že genotypizace je "vedlejším produktem" ověření původu a naopak. Zároveň je to však příležitost, jak začít sbírat data, která posléze k vytvoření systému výpočtu GPH povedou. Ať se to líbí nebo ne, výpočet GPH se postupně stal nedílnou součástí plemenářské práce a velmi brzy k tomu tak bude i u masného skotu. GPH totiž zvyšuje atraktivitu zvířete v konkurenci s negenotypovanými zvířaty a může se stát, že dříve nebo později budou jedinci bez GPH při prodeji hůře uplatnitelní. Tak daleko ale ještě nejsme, proto se vraťme k tomu, jaké praktické dopady bude mít přechod pro chovatele.

Stručný výčet nejpodstatnějších změn pro chovatele:

1. přechod na ověřování pomocí SNP klade výrazně vyšší nároky na kvalitu odebíraného genetického materiálu (vzorku pro testaci). Z tohoto důvodu je nutná jistá míra standardizace odběru zdroje DNA. Vzhledem k tomu, že nemalá část našich chovatelů má stále problém s odběrem kvalitního vzorku i pro "obyčejné" ověření původů přes mikrosatelity, je nutné znovu upozornit na článek, který jsme ke správnému odebírání vzorku pro testaci DNA opakovaně publikovali (článek a instruktážní video zde). Pro industriální způsob izolace kvalitní DNA, kterou technologie SNP nárokuje a samotná možnost provedení SNP analýzy je kvalitou DNA podmíněna a limitovaná, se jako vhodné zdroj DNA jeví náležitě provedený odběr chlupových cibulek případně nasální stěr (viz náš článek zde). Pro zajištění rutinně zpracovávaného vysokého počtu izolací z chlupů bude během února připraven odběrový kit. Jako alternativní zdroj DNA nadále zůstává nesrážlivá krev a sperma.

Kit GD Scan k odběru chlupových cibulek:


Pro chovatele, kteří ve větší míře realizují embryotransfer je podstatné rovněž to, že z důvodu eliminace chimérismu bude u zvířat po ET a vícečetných porodech jako jediný biologický vzorek připuštěn pouze ve formě chlupových cibulek (při použití ektodermálních tkání nebyl chimérismus ve vzorcích DNA pozorován, což u nasálního stěru a zejména pak krve rozhodně neplatí).

2. Zavedení SNP technologie nebude přinášet urychlení procesu ověření původu, spíše naopak. SNP metodické postupy jsou časově náročnější. Je proto nutné počítat s tím, že laboratoř imunogenetiky nebude schopna provést ověření za kratší dobu než 7 dní. Při větších sériích vzorků bude dodací lhůta ještě delší. Buďte proto na to připravení a zasílejte vzorky k analýze s dostatečným předstihem! ČMSCH a. s. aktuálně vyvíjí systém, který umožní online sledování stavu zpracování vaší objednávky. Ten by měl být spuštěn nejpozději spolu s novou technologií.

3. Izolace DNA a ověření původu přes SNP bude o něco dražší v porovnání s cenou jakou platí chovatelé nyní. Podle předběžných kalkulací ČMSCH a. s. bude cena zřejmě následující:

• vlastní genotypování skotu: 1050 Kč
• ověření původu zvířete (protokol): 200 Kč
• příplatek za manuální zpracování objednávky: 20 Kč
(ruční pořízení objednávky do elektronického systému)

Po tomto výčtu by se mohlo na první pohled zdát, že přechod na novou technologii SNP má pro chovatele jen samá negativa. Je však potřeba se dívat do budoucna a vnímat to, že nemůžeme zůstat osamoceným ostrůvkem uprostřed progresivních "dravců", ale i my - chceme-li být i nadále úspěšnou exportní zemí - musíme tyto trendy následovat. Zároveň lze předpokládat, že s masivnějším využíváním genotypizace půjdou ceny této technologie dolů (zejména čipů na kterých se testace provádí). V neposlední řadě je na analýzu DNA státní dotace (titul 2.A.a. - do 500 Kč za provedenou analýzu u skotu a prasat resp. do 70 % nákladů na analýzu vykonávanou třetí stranou nebo jejich jménem s cílem stanovení genomické plemenné hodnoty), která by měla pokračovat i do budoucna a měla by zajistit, že zvýšené náklady na testaci nebudou na chovatele přeneseny v plné výši.

Pro ty, kteří by se chtěli o SNP technologii dozvědět více, připomínám, že tomuto tématu jsme se detailně věnovali v našem zpravodaji ve dvou článcích Ing. Daniely Schröffelové, CSc. z Českomoravské společnosti chovatelů a. s.. Velmi čtivě psané příspěvky s názvem "Změny v metodice ověřování původu skotu DNA technologií ...aneb je tu znova doba nová – přechodová!" (zpravodaj 4/2016, str. 41 - 43) a "Změny v metodice ověřování původu skotu DNA technologií ...aneb Genomika tak trochu sluha – tak trochu pán!" (zpravodaj 2/2015, str. 17- 19) lze nalézt i v archivu starších čísel svazových zpravodajů zde.